ナイトメアと獲得できるMOD
通常のミッションの他に、各惑星(水星は除く)の全ノードをクリアすると、ナイトメアモードのミッションを選択できるようになる。
ナイトメアモードの敵は、レベルも強さもアップしており、そして、時にグレードアップした危険なバージョンになることもある。たとえば、ランサー（Lancer）の代わりに、エリートランサーが通常数よりも多く出現したりする。ロッカーには弾薬がないので、敵のドロップに頼ることになる。また、通常ミッションにも存在する環境災害「Environmental Hazards(火災、零下)」も、ナイトメアモードにも通常通りあり、ミッションをより難しいものにする。
U19[内なる紛争]より、8時間ごとに各惑星にナイトメアミッションが一つ表示され、クリアすると次のタイムが来るまでその惑星のナイトメアミッションは実行できない。
ナイトメアモードのパターン
シールド無効―シールドがなく、ヘルスだけでミッションを遂行
タイマー制―制限時間内にミッションを遂行（最初は5分で、敵を倒すごとに5秒加算延長される）
ただし、防衛、起動防衛、耐久の場合は、タイマー制は存在しない。
ヘルスバンパイア―1.5秒ごとに、ヘルスが1.5％減少（敵を倒すと12.5%回復）
エナジーバンパイア―1秒ごとにエネルギー量がおよそ5減少（Energy Siphonで軽減可）
デス・デトネーション—敵が死ぬときに爆発、周囲にダメージをもたらす
上記のパターンで2つ組み合わさる場合もある（ヘルスバンパイアとタイマー制の組み合わせなど）。また、上記のパターンで50％の確率で低重力状態（無重力ではない）になる可能性もあり、敵やテンノもその影響を受ける。(なお、今後もアップデートで変更の可能性あり)
弾薬なし―ロッカーに弾薬は存在せず、敵のドロップに依存する。
被ダメージ増―敵の攻撃力がアップし、通常よりも3倍に向上
高レベル帯の敵―通常のミッションよりもさらに高レベルの敵が出現
致死的な爆発系―爆発系はおよそ1000と致命的なダメージを加える
高遅延リロード―およそ50％ほどリロード速度が遅くなる
（補足：ミニマップ非表示のパターンもPC版では存在したが、アップデート9.4で削除された）
ナイトメアモードでミッションを遂行し、エリアをクリアすると、レアMODをゲットできる。
ナイトメアモードをクリアした後に、ゲットできるMODは以下の通り。
ナイトメアミッションの報酬
更新日時： 公式最新：
- Aロテ
- Bロテ
- Cロテ
補足
・報酬階層は、ノードレベルに関係なく惑星に基づいている。Cローテーションは(冥王星、海王星、天王星、エリス、セドナ)、Aローテーションは水星、金星、地球、火星、それ以外がBローテーション。・救出ミッションのみ、いづれの報酬を得られる可能性があり、救出/ステルス/全ワーデン殲滅の3つの目的に応じて、変化する。
・U22.3.5以降、Seeking Fury は通常のミッション(Lv26以上)でも入手できるようになっている。
・アップデート16.7.2のホットフィックス（2015年7月8日）で、以下のナイトメアモードが追加された。・
新MOD
「Seeking Fury」（ショットガン）
「Animal Instinct」（センチネルorクブロウ）
「Armored Agility」（ウォーフレーム）
・U19「内なる紛争」より新ＭＯＤが追加される
「Chilling Reload」(ショットガン)
「Drifting Contact」(近接)
「Streamlined Form」(ウォーフレーム)